La Città dei Morti nasce nel 642 d.C. ai piedi delle colline di Moqattam, ad est di al Fustat (l'antica Cairo), come primo nucleo di sepoltura dei conquistatori arabi, denominato Al Qarafa. Ogni dinastia araba succedutasi dotò la capitale di un nuovo cimitero, caratterizzandolo con edifici religiosi e civili. Nel corso dei secoli sorsero alloggi per i mistici islamici (sufi), piccoli e grandi palazzi nobiliari, mulini per il grano, ospizi per i bisognosi (ribat), ed ostelli per i pellegrini, contribuendo a rendere sempre più popolato. Durante l’epoca fatimida (979-1171d.C.) venne costruito al centro della città di al Qahira un cimitero con una moschea funeraria, al cui interno i califfi fecero edificare le loro tombe. Un altro sorse fuori la porta settentrionale Bab el Nasr (la porta della vittoria). Inoltre i regnanti Fatimidi, di fede musulmana sciita, costruirono complessi funerari per i martiri alidi, ossia i discendenti di Alì ibn Abu Taleb, cugino e genero di Maometto, nonchè moschee per la diffusione del nuovo rito, sebbene la maggioranza degli egiziani fosse sunnita. Durante il secolo XIII Saladino nell’intenzione di unificare le quattro capitali egiziane (al Fustat della dinastia degli Omayyadi, al Askar degli Abbassidi, al Qata’i dei Tulunidi, al Qahira dei Fatimidi) in un’unica cintura muraria, portò all’integrazione dei vari cimiteri nel tessuto urbano. Il mausoleo funerario più importante dell’epoca è la tomba dell’Imam Shafi’i, fondatore del rito shafai’ita dell’islam sunnita e riverito come uno dei più grandi personaggi santi musulmani. Da secoli il suo sepolcro (la più grande camera mortuaria musulmana in Egitto) rappresenta il fulcro di tutto il cimitero meridionale. Sotto la dominazione mamelucca (1260-1517d.C.) avvenne l’ultima significativa espansione storica dell'antico cimitero islamico cairota. I sovrani mamelucchi commissionarono non solo mausolei funerari di notevolissimo pregio artistico ma cercarono di pianificare un’urbanizzazione secolare della zona. L’aura di santità dovuta alla presenza delle sepolture dei mistici sufi stimolò a costruirsi il proprio tumulo nelle loro vicinanze. Tuttavia la Città dei Morti non ha mai assolto alla funzione soltanto funebre. Era infatti connotata dallo sfoggio del potere politico. Come in Europa, lo sfarzo delle opere artistiche e delle cerimonie festive e religiose rappresentavano manifestazioni del potere regale e nobiliare, così i sovrani mamelucchi scendevano in parata dalla Cittadella attraversando la necropoli e rientrando in città attraverso la porta settentrionale Bab el Nasr.

La dinastia successiva degli Ottomani (1517-1798 d.C.) edificò fastose tombe di famiglia e restaurò molti altari in stile turco, anche se dei 110 governanti (pasha) solo pochi lasciarono traccia nell'ormai vasta necropoli. Altri piccoli cimiteri furono creati intra muros ed i cairoti seppellivano i propri defunti anche nei cortili di casa, pratica che terminò con la conquista napoleonica nel 1798 per motivi di igiene. Con il processo di modernizzazione del paese si cercò di limitare le funzioni del cimitero alla sola inumazione e le moschee al suo interno persero la loro valenza educativa. Nel secolo XX la crisi urbana degli alloggi e soprattutto le carestie dovute alle fecero sì che grandi masse di gente rurale ripopolassero il cimitero, occupando le stanze adibite alla visita ai defunti e rendendole proprie abitazioni permanenti. Il volto della necropoli cambiò radicalmente, trasformandosi nella attuale Città dei morti.